Sajnos a bélflóra egyensúlya nem állandó, vannak olyan helyzetek és állapotok, melyek véget vetnek ennek az egyensúlyi állapotnak. A leggyakrabban ez a folyamat gyógyszerszedéshez köthető, így negatív hatással vannak bélflóránkra például az antibiotikumok, a gyomorsavkötő gyógyszerek, a szteroidot tartalmazó gyulladásgátló szerek, és a hormontartalmú készítmények. Továbbá a helytelen étkezés, a dohányzás és a túlzott alkoholfogyasztás, valamint a tartós székrekedés vagy hasmenés mind elősegítik a jótékony hatású baktériumok arányának csökkenését.
A bélflóra egyensúlyának felborulásakor jelentkező leggyakoribb tünetek a puffadás, hasmenés, szelesség, székrekedés, emésztési zavarok, fáradtság és az ellenálló képesség csökkenése. A bélflóra károsodása betegségek kialakulásában is megnyilvánulhat, így jelentkezhet vastagbél-gyulladás, tejcukor-érzékenység, allergia, irritábilis bél szindróma, hasnyálmirigy-gyulladás.